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Dipartimento di Fisiologia Umana e Farmacologia

Università di Roma "La Sapienza"
P.le A. Moro, 5 - 00185 Roma
tel. (++39) 06 49910879 - FAX (++39) 06 233203640 - Cell. (++39)333 2519291

CISB - Centro Interdip. di Ricerca per l'Analisi dei Modelli e dell'Informazione nei Sistemi Biomedici

Università di Roma "La Sapienza"
C.so Vittorio Emanuele II, 244 - 00100 Roma
tel. (++39) 06 49918656 - 631

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Laurea

Laurea in Fisica nel Luglio 1991, con la votazione di 110/110, presso l'Università degli Studi di Roma "La Sapienza" discutendo una tesi sperimentale dal titolo "Reti neuronali e sistemi percettivi: una realizzazione a multiprocessore", preparata presso il Laboratorio di Elettronica Applicata del Dipartimento di Fisica sotto la supervisione del Prof. Maurizio Bonori.

Argomento della Tesi di Laurea:

A. Approfondimento teorico di un modello neuronale ad auto-organizzazione biologicamente plausibile con sviluppo di diversi esperimenti di simulazione, particolarmente indirizzati a problematiche inerenti il riconoscimento e classificazione automatici di dati complessi (nel caso specifico, del linguaggio parlato);

B. Progettazione e realizzazione hardware di un sistema multiprocessore (basato su processori di segnali digitali DSPs 56001) ad architettura parallela modulare e del firmware di gestione (in ASSEMBLER e ad alto livello) tali da permettere la realizzazione elettronica di un generico modello neuronale.

Perfezionamento

1991/92
Perfezionamento in "Metodi per l'Analisi di Segnali ed Immagini Biomediche" dell' Università di Roma "La Sapienza" (Direttore: Prof. Carlo Bruni, Fac. di Ingegneria), con una tesi sperimentale dal titolo "Applicazioni biomediche di sistemi connessionisti: un progetto di parallelizzazione degli algoritmi".

Dottorato di Ricerca

1992/93 – 1994/95
Dottorato di Ricerca in Biochimica (Coordinatore: Prof. Maurizio Brunori, Fac. di Medicina), presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche dell'Università di Roma "La Sapienza". Ha conseguito, nel Dicembre 1996, il titolo di Dottore di Ricerca in Biochimica discutendo una Tesi dal titolo "Codifica e classificazione delle strutture proteiche", sotto la supervisione del Prof. Alfredo Colosimo.

Argomento della Tesi di Dottorato:

A. Criteri di codifica delle strutture primarie di proteine atti ad ottenere, con l'utilizzo sia di algoritmi di tipo connessionista che di analisi multivariata, una classificazione delle strutture primarie dipendente anche da caratteristiche tridimensionali.

B. Codifica delle sequenze aminoacidiche attraverso una sequenza numerica (profilo) tale da conservare e rendere più direttamete utilizzabile l'informazione fisico-chimica associata alla struttura primaria. Ciò ha consentito di sottoporre un insieme di strutture primarie, previamente normalizzate per la lunghezza attraverso un metodo appositamente sviluppato (Procust's Bed Algorithm, PBA), ai classici algoritmi di classificazione non supervisionati, ovvero completamente oggettivi (Self Organizing Map Algorithms, SOMA).

C. Validazione dei risultati ottenuti per mezzo di un criterio di codifica e classificazione (Onion's Peel Algorithm, OPA), appositamente sviluppato.

L'eterogeneità dei segmenti di ricerca affrontati é in realtà caratterizzata dal comune denominatore della applicazione delle tecniche dell'analisi statistica multivariata e degli algoritmi connessionisti nei problemi di analisi e codifica di informazioni complesse. L'approccio, fino ad ora indirizzato verso il settore della ricerca di base in biofisica e in biochimica, é così generale da poter essere applicato con successo anche in contesti assolutamente differenti: dall'analisi delle serie temporali in economia, allo studio della ottimizzazione dei processi produttivi, alla elaborazione delle interazioni multimodali uomo-macchina, alla caratterizzazione e classificazione di informazioni complesse di qualsiasi tipo, purché codificabili. Il settore che più si avvicina a quello di competenza é quello dell' Information Technology e dell' Electronic Data Processing.

Recentementemente (dall'inizio del 2003) ha tra i suoi interessi anche l'analisi di microarray (cDNA e oligonucleotidi) con diversi approcci statistici, e analisi di GEL 2-dimensionali di proteine.
E' inoltre autore di un algoritmo per l'analisi di immagini (Analisi Bidimensionale delle Ricorrenze) e coautore di un'applicazione per l'analisi di segnali fMRI, entrambi in corso di brevettazione presso il Rush Medical College di Chicago, USA.

• Nel corso della preparazione della Tesi di Dottorato ha frequentato il Laboratorio di Biofisica del Prof. H.G. Hollzütter presso l'Istituto di Biochimica dell' Università Humboldt di Berlino, impratichendosi sugli algoritmi di predizione della struttura terziaria delle proteine con metodi ab initio, basati sulla minimizzazione della funzione energia.
• A seguito di una proposta di assunzione presso il laboratorio EBI-EMBL di Hinxton (Cambridge) in qualità di database curator, ha approfondito le metodologie di gestione delle banche dati centralizzate di strutture proteiche.

• A partire dall'anno accademico 94/95 a tutt'oggi, tiene annualmente diversi seminari nell'ambito dei Corsi di Dottorato in Biochimica e in Biofisica (presso i Dipartimenti di Scienze Biochimiche, Chimica e Fisica dell'Università di Roma "La Sapienza") e del "Corso di Perfezionamento in Metodi per l'Analisi di Segnali ed Immagini Biomediche" presso il Centro Interdipartimentale di Ricerca per l'Analisi dei Modelli e dell'Informazione nei Sistemi Biomedici – CISB dell'Università di Roma "La Sapienza".
• Dall'Ottobre 1991 alla fine del 1998, e dal Settembre 2000 a Giugno 2007, compatibilmente con gli impegni del Corso di Dottorato e con l'attività di ricerca svolta in sede universitaria, ha insegnato Matematica, Fisica e Informatica nelle Scuole Medie Superiori romane con contratti a tempo determinato. Dal Luglio 2007 è docente in ruolo di Matematica e Fisica.
• Dall'anno accademico 2002/03 fino al 2006/07 svolge attività didattica per l'insegnamento della Statistica nell'ambito del Master in Bioinformatica presso l'Università di Roma "La Sapienza".

• Nel corso dell'attività di ricerca ha acquisito, tra l'altro, una notevole esperienza (cumulata in più di dieci anni di utilizzo intensivo) nell'efficace gestione di tutte le risorse disponibili su rete Internet per l'Information Retrieval e, nel caso specifico, utili allo studio della struttura delle proteine.
• Al tempo stesso, ha raggiunto una solida esperienza nella gestione e amministrazione di sistemi di calcolo e networking in diversi ambienti (Windows 9x/NT/XP, MacOS, Unix, Linux, MSDOS).
• E' profondo conoscitore degli strumenti fondamentali del Desktop Publishing e del Web Publishing, così come della programmazione in diversi linguaggi (C, C++, Fortran, Visual Basic, Pascal, LaTeX, HTML, Java, Javascript, Awk, Perl, CGI, ASP, MySQL) e ambienti di analisi statistica e matematica (Statistica-StatSoft, Matlab, R, Mathematica, SPSS, Systat, ADE, MuPAD, UniSTAT)
• Ha approfondito la conoscenza e l'utilizzo dei diversi software di analisi dei microarrays di cDNA e oligonucleotidi (MAS 5, dChip, SAM, PAM, Bioconductor, MAExplorer, TIGR MAE-TMev) sia nello standard Affymetrix che in quello a doppia fluorescenza.
• Ha approfondito la sua competenza nella realizzazione e amministrazione di siti web finalizzati, nel caso specifico, alla distribuzione di documentazione scientifica in tempo reale e alla gestione di basi di dati. Attualmente svolge funzioni di webmaster del Centro Interdipartimentale di Ricerca per l'Analisi dei Modelli e dell'Informazione nei Sistemi Biomedici dell'Università di Roma "La Sapienza" (CISB).
• E' autore di numerosi programmi e pacchetti software di pubblico dominio per l'analisi di dati di vario tipo (strutture proteiche, serie temporali, matrici).
• E' contitolare di un brevetto internazionale, depositato a cura del Rush Medical College di Chicago, USA, per l'utilizzo dell'analisi quantitativa di ricorrenze nel campo delle immagini (biomediche, satellitari, ..) e nel campo dello studio dell'attività cerebrale per mezzo della risonanza magnetica funzionale (fMRI).

• Premio ENEA per la realizzazione della tesi dal titolo "Applicazioni biomediche di sistemi connessionisti: un progetto di parallelizzazione degli algoritmi ", svolta nell'ambito del Corso di Perfezionamento in Metodi per l'Analisi di Segnali ed Immagini Biomediche (1992).
• Borsa di studio per la partecipazione alla Scuola Nazionale di Biofisica "Struttura delle proteine" tenutasi a Bressanone e organizzata dall'Università degli Studi di Trento (1994).
• Borsa di studio per la partecipazione al corso "Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology", (ICGEB, Trieste), non utilizzata per la contemporaneità con il periodo di ricerca svolto alla Università Humboldt di Berlino. (1995)
• Borsa di studio per la partecipazione al XII Congresso della Società internazionale di Biofisica (IUPAB 96), svoltosi ad Amsterdam nell'Agosto 96, dove ha presentato gli ultimi risultati del suo lavoro di ricerca a conclusione del corso di Dottorato in Biochimica. (1996)